Nació en la ciudad de Choluteca, el 9 de octubre de 1781. Fue enviado a estudiar a la universidad de San Carlos en Guatemala; era simpatizante de la Revolución Francesa y partidario de la Independencia de Centro América.
En 1820 desempeñó el cargo de Secretario del Ayuntamiento. El 28 de septiembre de 1821 se recibieron los Pliegos de la Independencia; el acta fue redactada por Don Dionisio de Herrera, a consecuencia de ello la Villa de Tegucigalpa recibió el titulo de ciudad el 11 de diciembre de 1821.
El 16 de septiembre de 1824, Dionisio de Herrera tomó posesión del gobierno hondureño convirtiéndose así en el primer Jefe de Estado y siendo Vice Jefe José Justo Milla. Don Dionisio de Herrera en su carácter de gobernante decretó la primera división territorial de Honduras en siete departamentos: Comayagua, Tegucigalpa, Santa Bárbara, Yoro, Olancho y Choluteca; también decretó el primer escudo de armas y la primera constitución. El gobierno de Herrera fue derrocado el 1 9 de mayo de 1827 bajo el mando del Coronel Milla. Herrera fue prisionero en Guatemala (Capital de Centroamérica) y fue nombrado Jefe de Estado de Nicaragua por el Gral. Francisco Morazán en 1830.
Don Dionisio de Herrera falleció el 13 de junio de 1850, en San Vicente, El Salvador, donde vivió sus últimos años dedicado al magisterio.