Períodos:

 27 de agosto de 1876 al 30 de mayo de 1877

Proclamado presidente en Amapala.

30 de mayo de 1877 al 31 de enero de 1881

1 de febrero de 1881 al 1 de febrero de 1885

Nació en Tegucigalpa, el 13 de noviembre de 1846. Sus padres fueron Máximo Soto Hall y María Francisca Martínez. Sus estudios elementales los realizó en Tegucigalpa  En 1857, se trasladó con sus padres a Guatemala. Bachiller en Filosofía por la Universidad de San Carlos de Borromeo.  abogado en 1867. Secretario de la Sociedad Económica de Guatemala. Adscrito a la Legación de Honduras en Guatemala. En 1871, nombrado Subsecretario de Estado en los Despachos de Gobernación y Negocios Eclesiásticos, en la administración de Miguel García Granados. Ascendido en 1872 al cargo de Secretario de Gobernación y Negocios Eclesiásticos. En 1873, el Presidente de Guatemala  general Justo Rufino Barrios le encarga el despacho de Relaciones Exteriores e Instrucción Pública.

Inaugura en la isla-puerto de Amapala, el Gobierno Provisional de Honduras el 27 de agosto de 1876.

Al reasumir la Presidencia de Honduras, el capitán-general José María Medina, el 12 de agosto de 1876 por decreto del Presidente Provisional Crescencio Gómez,  emitió un manifiesto el 18 de agosto desde el pueblo de Erandique, hoy municipio de Intibucá,  declarando  al doctor Marco Aurelio Soto Presidente Provisional de Honduras. Al  tomar posesión como Presidente Provisional nombra al abogado Ramón Rosa, su primo hermano, Ministro general del gobierno. Se inicia el período de la historia de Honduras conocido como "La Reforma Liberal".

Salió de Amapala el 17 de septiembre de 1876 hacia Tegucigalpa, llegando el 22. Se traslada a Comayagua, entonces capital de Honduras para tratar sobre la organización del Estado y la pacificación de la República. Nombra una comisión de Ingenieros para mejorar la comunicación entre Tegucigalpa y Comayagua y se instalan las primeras líneas telegráficas. Convoca el 22 de abril de 1877 a  elecciones generales para elegir el Presidente de Honduras. Convoca en La Paz  elecciones para elegir representantes a una Congreso Extraordinario. Se instaló el Congreso el 27 de mayo de 1887 en la ciudad de Comayagua. Declaró Presidente Constitucional a Marco Aurelio Soto para el período del 30 de mayo de 1877 al 1 de febrero de 1881, al obtener 16,603 votos de un total de 20,635 electores.

Durante el primer período se organiza la Hacienda Pública, se estimula la agricultura mediante Leyes, se impulsa la minería  y  un nuevo ordenamiento jurídico permite una mejor dinámica. Al finalizar el año de 1881, el presupuesto fijado es de 902,000.00 pesos. Al tomar posesión en Amapala, el Presidente Soto encontró 18 reales en la aduana del puerto de Amapala.

Su administración enfrentó levantamientos armados, estimulados por José María Medina y el bandolerismo de Calixto Vásquez, alias el Corta Cabezas. No concedió perdón al general José María Medina y confirmó el fusilamiento el 8 de febrero de 1878 en el cementerio de Santa Rosa de Copán. Fue fusilado el teniente-coronel Avelino Cobos en septiembre de 1880.

Visitó en su calidad de Presidente El Salvador y Guatemala. Fue invitado a la inauguración del ferrocarril de San José a Escuintla. Al ausentarse durante el período comprendido del 10 de junio al 30 de julio de 1880, un Consejo de Ministros presidido por el Secretario en los Despachos de Relaciones Exteriores, Ramón Rosa. Se convocó a una Asamblea Nacional Constituyente, que se reunió el 1 de septiembre de 1880. Se decretó el traslado de la capital a Tegucigalpa, como sede de los tres poderes del Estado. Se sancionó una nueva Constitución Política. Se declaró Presidente a Marco Aurelio Soto para un nuevo período comprendido del 1 de febrero de 1881 al 1 de febrero de 1885. Con una base electoral de 29,795 electores, Marco Aurelio Soto obtuvo 24,521 votos.

Al iniciar su segundo período constitucional el 1 de febrero de 1881, expresa mucha atención a la división política-administrativa creando los departamentos de Colón e Intibucá y acentuó la labor educativa y cultural.

Las condiciones políticas creadas por la influencia de Justo Rufino Barrios y Rafael Zaldívar, presidente de Guatemala y El Salvador, respectivamente, explican la renuncia del Presidente Soto. El Congreso de Honduras concedió una licencia al Presidente Soto para que viajara a Estados Unidos de América. Para ejercer la administración del gobierno  un Consejo de Ministros presidido por Enrique Gutiérrez Lozano  en su condición de Ministro de Relaciones Exteriores, asume la dirección del Estado de Honduras. Del 9 de mayo de 1883, Marco Aurelio Soto se ausentó del país y envió desde la ciudad de San Francisco la renuncia al cargo. El congreso aceptó la renuncia el 19 de octubre de 1883.

Después de su permanencia en Estados Unidos, radicó en París, Francia.

En 1902, estimulado por sus amigos políticos, lanza una candidatura presidencial, pero en razón de los resultados negativos, se retira de la actividad política. Regresa en enero de 1903 a París.

Socio de Real Academia de Historia de Guatemala

Socio Honorario de la Real Academia de la Lengua.

Obra: Santa Lucía, Felipe II y Valle de Angeles, (1881).

¿Desembarcó Cristóbal Colón en tierra firme del Continente americano? (1882). Su obra fue antologada por Rómulo E. Durón  en Honduras Literaria, escritores en Prosa.

Fallece en París, Francia,  el 25 de febrero de 1908.

GABINETE DE GOBIERNO

Secretario General: Ramón Rosa.

Secretario en los Despachos de Gobernación, Justicia, Negocios Eclesiásticos y Fomento: Enrique Gutiérrez Lozano.

Secretario en los Despachos de Relaciones Exteriores: Ramón Rosa.

Secretario en los Despachos de Guerra  y  Marina: Ramón Rosa.

Secretario en los Despachos de  Hacienda y Crédito Público: Abelardo Zelaya Izaguirre.

Secretario en los Despachos  de Justicia e Instrucción Pública: Ramón Rosa.

Secretario en los Despachos de  Fomento, Obras Públicas y Agricultura: Enrique Gutiérrez Lozano.

Segundo Gabinete 1881-1883:

Secretario en los Despachos de Gobernación, Justicia e Instrucción Pública: Luis Bográn B.

Secretario en los Despachos de Relaciones Exteriores y guerra : Enrique Gutiérrez.