Períodos:

21 al 30 de junio 1895

En condición de vicepresidente

1 de febrero 1903 - 25 de marzo de 1907

1 de febrero de 1912- 21 de marzo de 1913

Nació en Juticalpa, Olancho, el 7 de junio de 1849. Sus padres fueron Jorge Bonilla y Dominga Chirinos. Realizó sus estudios primarios en la escuela privada de Espiridión Ordoñez durante los años 1856-1860. Aprende el oficio de carpintero en el taller "El Dorado" de Guillermo Burchard. Aprende a tocar violín y clarinete y trabaja en la hacienda La Roqueta hasta 1870. Procea una hija con Josefa Matute en diciembre de 1870. Se traslada al puerto de Trujillo y se desempeña como maestro de escuela. Es reclutado para la fuerza militar de la Guarnición de Trujillo. Lo ascienden al grado de sargento en marzo de 1871. Comisionado por el comandante de Trujillo a entregar una encomienda al presidente Céleo Arias. Radica en Comayagua. En 1872 custodia al general José María Medina preso en el Colegio Tridentino por órdenes del Presidente Arias, ostentando el grado de capitán. Miembro del Estado Mayor del Presidente Arias con el grado de general. El 13 de enero de 1873, la plaza de Comayagua capitula ante las fuerzas de Ponciano Leiva. Se le concede el grado de coronel de brigada en 1877. Es nombrado comandante de armas de Trujillo de 1877-1880. Gobernador Político y comandante de armas en Yoro de 1881-1882. Comandante y administrador de la Aduana de Amapala en 1882, renunciando en octubre de 1883. Sale rumbo a Nicaragua. En 1885 el general Luís Bográn solicita sus servicios para conducir tropas hacia El Salvador y Nicaragua. Preso en El Salvador durante el Gobierno de Francisco Meléndez por presiones del general Luis Bográn. Radica en Panamá en 1887. Se establece en Nicaragua en 1888. En junio de 1890, fue testigo del terremoto que destruyó la ciudad de San Salvador y en 1891 regresa a Nicaragua. Radica en Guatemala en 1892. Realiza los preparativos para invadir Honduras y derrocar al gobierno del general Ponciano Leiva. El 18 de mayo de 1892 desembarca en Puerto Cortés y toma la ciudad. En Trujillo en junio de 1892 se apodera de la ciudad y el 24 de julio dirige una proclama en La Ceiba sobre los motivos de la lucha contra el gobierno de Ponciano Leiva. Es capturado cerca de Culmí, Olancho y es remitido prisionero a Juticalpa el 8 de septiembre de 1892, trasladado prisionero a Tegucigalpa. Liberado por gestiones del abogado Ramón Rosa en noviembre de 1892. La amnístia amplia e incondicional del 19 de noviembre de 1892, le reestablece los derechos como ciudadano. Se levanta en armas contra el gobierno provisional de Rosendo Agüero en Juticalpa en febrero de 1893. Derrotado y herido el 8 de abril por fuerzas del general Alfonso Villela en Jalapa. Sale emigrado de Nicaragua en mayo de 1893. Organiza la oposición militar en Nicaragua, y el 13 de diciembre de 1893 sale de Cinco Pinos rumbo a Honduras. El 24 de diciembre de 1893 el Dr. Policarpo Bonilla proclama su gobierno en la costa de los Amates, Nacaome,  y el general Manuel Bonilla es nombrado Ministro de Guerra. El 30 de noviembre de 1893 es nombrado Vicejefe de los ejércitos aliados de Honduras y Nicaragua. El 3 de enero de 1894 triunfa en Choluteca sobre las fuerzas del Gobierno de Domingo Vásquez y el 17 de ese mismo mes ratifica nuevamente su victoria. El 22 de febrero de 1894, el Dr. Policarpo Bonilla toma posesión del gobierno de Honduras. El 15 de diciembre de 1894 es electo constitucionalmente Vicepresidente de Honduras, siendo Presidente el Dr. Policarpo Bonilla y es ratificado como Ministro de Guerra. El 14 de marzo de 1895 es ascendido al grado de general de división por la Asamblea Nacional Constituyente. Renuncia a la vicepresidencia el 25 de marzo de 1895, y como ministro de guerra el 11 de diciembre de 1896. Viaja a El Salvador ese mismo año. Nombrado comandante de armas del puerto de Amapala el 28 de marzo de 1899. Renuncia al cargo de comandante de armas de Amapala el 29 de julio de 1900. Es electo diputado para el período 1900-1902. El Periódico "El Iniciador" impulsa su candidatura en noviembre de 1901. El 22 de febrero de 1902 hay convocatoria de elecciones para suceder al presidente Terencio Sierra. Es postulado el 3 de febrero de 1902 junto a Miguel R. Dávila para Presidente y Vicepresidente, respectivamente. Con el nombre de Partido Nacional Democrático triunfa en las elecciones generales de octubre de 1902. El Congreso Nacional no se reúne por falta de quórum y no hay elección de Presidente. El 30 de enero de 1903 el general Terencio Sierra deposita el poder en el consejo de ministros encabezados por Juan Angel Arías. Fuerzas Militares que apoyan a Manuel Bonilla ocupan Aramecina. El 1 de febrero de 1903,  Manuel Bonilla Chirinos se proclama Presidente electo de la República de Honduras y presta promesa constitucional ante el alcalde Andrés Palacios en la ciudad- puerto de Amapala. Se inicia la lucha contra la administración de Juan Ángel Arías, el 22 de febrero de 1903 las tropas del general Manuel Bonilla derrotan al general Terencio Sierra en el Aceituno, Nacaome. El 7 de abril de 1903 en la batalla de Coray, Valle, derrota a la Fuerza Militar de Terencio Sierra. El 12 de abril de 1903 el gobierno de Juan Ángel Arías es derrocado por las Fuerzas del general Manuel Bonilla. El 3 de mayo de 1903 el Congreso Nacional Constituyente ratifica como Presidente a Manuel Bonilla y a Miguel R. Dávila como Vicepresidente. El 8 de febrero de 1904, asume los plenos poderes y el 12 de ese mismo mes convoca a elecciones para una Asamblea Constituyente. El 1 de julio de 1904 se instala la Asamblea Nacional Constituyente. Y el 2 de septiembre de 1904 emite la Constitución de 1904 que amplia el período presidencial a 6 años. El 1 de marzo de 1906 toma posesión de su mandato constitucional para el período 1906-1912. El 11 de julio de 1906 declara Estado de sitio por la invasión de tropas guatemaltecas bajo el mando de Manuel Estrada Cabrera. Se celebra el Tratado general de paz, amistad y comercio con Guatemala bajo la mediación de México y USA en el buque Marblehead. El general Dionisio Gutiérrez en diciembre de 1906 encabeza la campaña militar contra el gobierno de Manuel Bonilla. Fuerzas Militares acuarteladas en Nicaragua se suman a la oposición militar contra Manuel Bonilla. El 7 de febrero de 1907 el gobierno del general Manuel Bonilla declara roto el pacto de Corinto de 1902 que establecía un Tribunal de Arbitraje Centroamericano para resolver conflictos de orden político militar de los países de Centroamérica. Fuerzas militares apoyadas por Nicaragua se toman la Plaza de San Marcos de Colón el 25 de febrero de 1907 y proclaman a Miguel Oquelí Bustillo presidente provisional. El gobierno de Nicaragua reconoce a la Junta de Gobierno presidida por Oquelí Bustillo. El 23 de marzo de 1907 es derrotado el general Manuel Bonilla en Nacaome. Fuerzas opositoras toman la plaza de Tegucigalpa y derrocan al Gobierno de Manuel Bonilla el 25 de marzo de 1907. Se embarco en el atracadero del Aceituno, Nacaome rumbo a Amapala el 26 de marzo. Entrega el Puerto de Amapala al general Terencio Sierra con la mediación del comandante Robert M. Doyle del Buque "Chicago". Emigra a El Salvador y Guatemala. Compra en Belice el Rancho Bonilla y el Vapor Hornet. Realiza los preparativos para su campaña militar contra el gobierno de Miguel Rafael Dávila en 1910. Viaja a New Orleans a adquirir pertrechos de guerra  y establece contacto con el Soldado de fortuna Lee Christmas. El primero de enero de 1911 atraca en Roatán y se proclama presidente provisional junto a su lugarteniente el general Lee Christmas. Toma la plaza de Trujillo y el 25 de enero captura la plaza de La Ceiba y establece su gobierno provisional. Se celebra el convenio de Tacoma firmado por Manuel Bonilla en el gobierno de Miguel R. Dávila. El 28 de marzo de 1911 renuncia el presidente Miguel R. Dávila y asume el Dr. Francisco Bertrand Barahona. Se convoca a elecciones generales en 1911 y la fórmula Bonilla Chirinos, Bertrand Barahona triunfan en esas elecciones. El 1 de febrero de 1912 toma posesión de la presidencia y presta promesa de ley ante el Congreso. Recibe medalla de Oro por ser fundador del Partido Nacional y se ejecuta el Himno Nacional con letra de Augusto C. Coello y música de Carlos Hartling el 28 de marzo de 1912. El 20 de marzo de 1913 deposita el poder en el vicepresidente Francisco Bertrand y el 21 de marzo de 1913 fallece en la ciudad de Tegucigalpa. Como homenaje póstumo fue declarado por el Congreso benemérito ciudadano y protector de la instrucción pública.

GABINETE DE GOBIERNO

1903-1907.

Vicepresidente: Miguel R. Dávila Cuellar.

Ministro general: Salomón Ordoñez

Secretario en los Despachos de Gobernación: Dionisio Gutiérrez/ Froylán Turcios/ Sotero Barahona.

Secretario en los Despachos de Relaciones Exteriores: Mariano Vásquez/ Froylán Turcios.

Secretario en los Despachos de guerra  y Marina: Salomón Ordoñez/ Sotero Barahona.

Secretario en los Despachos de  Hacienda y Crédito Público: Saturnino Medal

Secretario en los Instrucción Pública y Justicia: Miguel R. Dávila.

Secretario en los Despachos de  Fomento, Obras Públicas y Agricultura: Alberto Membreño/ Saturnino Medal.

GABINETE DE GOBIERNO

1912-1913

Vicepresidente: Francisco Bertrand Barahona.

Designados Presidenciales: Francisco Bertrand Barahona, Alberto Membreño Vásquez y José Manuel Zelaya.

Secretario en los Despachos de Gobernación: Francisco Bertrand.

Secretario en los Despachos de Relaciones Exteriores: Mariano Vásquez.

Secretario en los Despachos de Guerra y Marina: Francisco J. Mejía / Felipe E. Planas.

Secretario en los Despachos de  Hacienda y Crédito Público: Leopoldo Córdova/ Samuel Gómez.

Secretario en los Instrucción Pública y Justicia: Mariano Vásquez.