En un acto de gran solemnidad en la ciudad de Comayagua, el día 11 de enero de 1939, sanciona la segunda Constitución del Estado de Honduras. Con la fórmula "Ejecútese" su nombre quedó estampado en el desarrollo constitucional del país. Su presencia en el Ejecutivo es sumamente breve. En su condición de miembro del Consejo Representativo, fue ratificado en el cargo por la Asamblea Constituyente. Los sucesos que se desencadenan a consecuencia del triunfo de las fuerzas unionistas lideradas por el general Morazán, el 6 de abril de 1839 en la batalla de El Espíritu Santo, desestabilizan la administración de Molina. Aduciendo razones de salud, renuncia el 13 de abril de 1839  y entrega la titularidad a Felipe Neri Medina Valderas Córdova. Falleció en Tegucigalpa.