En 1855, las agresiones guatemaltecas son reiteradas. El general Rafael Carrera declara que su objetivo en Honduras, es derrocar al general José Trinidad Cabañas. Derrotado por las fuerzas guatemaltecas en Los Llanos de Santa Rosa y Gracias, el 6 de julio de 1855. Su ejercito es aplastado en la acción de Masaguara (Cerca del Valle de Jesús de Otoro), el 6 de octubre de 1855 por el ejército encabezado por el general Juan López. Se refugia en El Salvador, viajando a Nicaragua a solicitar apoyo para recuperar la Presidencia de Honduras. No obtuvo apoyo, por cuanto el Presidente Patricio Rivas se encontraba influenciado por el aventurero Williams Walker. Regresó a El Salvador donde permaneció muchos años. En 1867 regresa a Honduras e inicia campaña contra la presencia del Filibustero Williams Walker en Centro América. El vencedor de la Acción de Masaguara, general Juan López llama al Vicepresidente José Santiago Bueso a desempeñar la titularidad del Ejecutivo, el 18 de octubre de 1855. Argumentando razones de enfermedad, deja la Presidencia en la persona del senador Francisco de Aguilar, el 8 de noviembre de 1855.