Presidente por depósito:

13 de enero al 3 de febrero de 1876.

Diputado-presidente desde 1873 de la Asamblea Legislativa, al ser electo Presidente el general Ponciano Leiva, 2 de febrero de 1875 al 8 de junio de 1876, es nombrado Diputado designado para sustituir al Presidente en los casos de ausencia o incapacidad.

El general José María Medina con el apoyo del Presidente de Guatemala, Justo Rufino Barrios, se pronuncia en Gracias, Lempira, contra el gobierno de Ponciano Leiva. Para conducir la defensa del gobierno, deposita la Presidencia en el diputado designado, José María Zelaya.

Las fuerzas opositoras del gobierno de Leiva, ocupan Comayagua. El presidente Leiva reasume la titularidad del Poder Ejecutivo en Yoro. Las fuerzas invasoras al mando del general Juan Antonio Medina son derrotadas por tropas del general Luís Bográn cerca del río de San Marcos, Ocotepeque, lo que significó un enorme alivio al gobierno de Leiva.

El licenciado José María Zelaya fue presidente de la Asamblea Legislativa de Honduras en 1873 y  1874, Secretario en  1875 y 1876.