Período:

Jefe de Estado del 12 de noviembre de 1838 al 9 de enero de 1839.

Recibe la titularidad de la Jefatura de Estado, por la persona del consejero José María Martínez, quien argumentando razones de enfermedad se retira del cargo. La Asamblea Constituyente reunida en Comayagua desde el 10 de octubre de 1838, ratifica sancionando la segunda Constitución, 11 de enero de 1839,  que Honduras es un Estado Libre, Soberano e Independiente del antiguo gobierno federal y de todo otro gobierno o potencia extranjera, por decreto del 12 de noviembre de 1838. José Lino Matute colocó su firma en el "Ejecútese". Reasume las rentas nacionales de puerto, exportaciones e importaciones que estaban bajo la administración del Gobierno Federal. Recibe invitación por el Gobierno de El Salvador de convocar una Asamblea Centroamericana para resolver los problemas de la misma. Rechaza la invitación ese mismo  dia,  9 de enero de 1839, que entrega la jefatura de Estado alegando razones de salud, a Juan Francisco de Molina.