Período:

Presidente designado: 21 de septiembre de 1839 al 31 de diciembre de 1840.

Al renunciar José María Bustillo, la Asamblea Legislativa nombró como Presidente Interino al general José Francisco Zelaya y Ayes. El general José Trinidad Cabañas sin resistencia alguna ocupaba Comayagua, el 28 de agosto de 1839. Los miembros del Consejo de Ministros, Mónico Bueso y Francisco de Aguilar, se desplazaron a Juticalpa, Olancho, a entregar el Decreto de Nombramiento como Presidente Interino al general José Francisco Zelaya y Ayes. Tomó posesión del cargo el 21 de septiembre de 1839, en Juticalpa como sede del Ejecutivo. El 25 de septiembre de 1839, el general Morazán derrota en San Pedro Perulapán a las tropas del general Francisco Ferrera. El Presidente Zelaya y Ayes fue informado de la derrota por el general Nicolás Espinoza en su condición de Jefe del Estado Mayor.

Entretanto las tropas del general Cabañas se toman Tegucigalpa, bajan hasta Choluteca y se reagrupan en Nacaome, para luego volver a El Salvador. El 13 de noviembre de 1839, en la batalla de la Soledad (cerca de Tegucigalpa), las tropas del general Zelaya y Ayes son derrotadas por fuerzas del general Cabañas. Solicita auxilio al gobierno de Nicaragua, quien envía una columna al mando del general Manuel Quijano con 500 hombres. En el sitio conocido como el Llano de El Potrero, a inmediaciones de Tegucigalpa y con el refuerzo de tropas olanchanas, el 31 de enero de 1840, el general Cabañas sufre un derrota significativa. En marzo 19 de 1840, las tropas del general Francisco Morazán son derrotadas en Guatemala y se inicia la retirada. Ambas derrotas de las fuerzas unionistas y la salida de Morazán hacia el Perú, contribuyen a darle relativa estabilidad al régimen de Zelaya.

En agosto de 1840, aparece "El Redactor Constitucional" como órgano de divulgación del Gobierno. Responde en forma enérgica al Cónsul Británico, Frederick Chatfield sobre reclamos presentados por ciudadanos ingleses de las Islas de la Bahía , en noviembre de 1840. Se reúne la Dieta centroamericana en Gracias, Honduras,  el 15 de diciembre de 1840 para llegar a convenios y tratados sobre la situación de la paz en Centroamérica, sin resultado alguno. Tomó medidas de seguridad para los puertos y poblaciones del interior, mejoró la defensa en los fuertes de Omoa y Trujillo. Reglamentó las horas de trabajo de los empleados del gobierno. Estableció un juzgado de Primera Instancia en Danlí. Convocó al pueblo hondureño el 6 de junio de 1840 a elecciones para elegir el Presidente de la nación y la Cámara de Representantes. El 30 de diciembre de 1840, la Cámara General del Estado de Honduras elige al general Francisco Ferrera, Presidente Constitucional. Toma posesión  del cargo el 1 de enero de 1841.

Derrota el 20 de diciembre de 1844 en Danlí al coronel Joaquín Rivera, dándole captura cerca del Valle de Jamastrán, y luego lo conduce a Comayagua donde fue juzgado y sentenciado a la pena capital. Durante la administración del Presidente  Ferrera se desempeña como Jefe mayor del Ejercito

Diputado -Presidente de la Asamblea Constituyente del 11 de diciembre de 1847.

Nació en Juticalpa, Olancho,  en 1798. Sus padres José María Zelaya López y Dominga Ayes. Casado con Guadalupe Gónzales Herrera en 1819, y en segundas nupcias con Mercedes Gónzales Herrera en Jocón, Olancho, marzo de 1835. Murió en Comayagua el 20 de octubre de 1848. Al momento de su muerte se desempeñaba como Ministro General del Gobierno del licenciado Juan Nepomuceno Fernández Lindo y Zelaya

MIEMBROS DE SU GABINETE

Ministro General, Coronado Chávez

Ministro de Hacienda, Francisco de Aguilar

Ministro de Guerra,.José María Bustillo

10,Coronado Chávez

Consejo de Ministros: Casto Alvarado Coronado Chávez