Hecha la Capitulación de la plaza de Comayagua y derrocado el gobierno de Dionisio de Herrera, se convocó a elecciones para elegir el jefe, vicejefe y miembros de la Asamblea. El  teniente general, José Justo Milla  patrocina la instalación de un congreso presidido por Juan Nepomuceno Lindo, instalado el 13 de septiembre de 1827. Se elige como jefe de Estado a José Jerónimo Zelaya, vicejefe a Miguel  Eusebio Bustamante, y como Jefe interino Cleto Bendaña. No se encontraban para tomar posesión de sus cargos Zelaya y Bustamante, por lo que los asuntos del Estado estaban bajo la responsabilidad del jefe interino, Cleto Bendaña. La situación era sumamente difícil, porque las tropas organizadas por los partidarios de Herrera se estacionan en la frontera con Nicaragua para iniciar una lucha militar, y por otro lado, el general  Manuel José Arce apoyaba a José Justo Milla para ejercer presión sobre el gobierno de Herrera y colocar a partidarios suyos para facilitar la reelección como Presidente de la República Federal. Las tropas de Milla fueron derrotados en la aldea de Sabanagrande, lo que desestabilizó aún más el gobierno de Bendaña. La batalla de La Trinidad fue decisiva para derrocar el gobierno interino de Bendaña. Las fuerzas militares conducidas por Francisco Morazán empiezan a emerger en el horizonte de la Patria. Inconformes varios departamentos por no acreditar sus representantes ante el congreso, facilitaban armas a los opositores del gobierno. El 24 de octubre, Cleto Bendaña presentó su renuncia  en su condición de jefe interino. Asumiendo José Jerónimo Zelaya la jefatura de Estado y jurando ante el alcalde de Santa Bárbara. Cleto Bendaña  entrega a Francisco Morazán la dirección de la Jefatura de Estado de Honduras.